يحدث تضيق المريء الحميد بسبب تلف في المريء ويترتب عليه تشكيل النسيج الندبي. إن السبب الأكثر شيوعاً لهذا المرض هو حرقة المعدة المزمنة والمعروفة باسم مرض الارتداد المعدي المريئي، والذي يؤدي إلى تدفق حمض المعدة الأكال إلى المريء، والشعور بحرقة في أسفل الصدر. إن التعرض المتكرر إلى حمض المعدة ضار ومن الممكن أن يسبب النسيج الندبي وتضيقاً لاحقاً في المريء.

ويؤثر الارتداد المعدي المريئي في حوالي 40٪ من البالغين، ويحدث تضيق المريء في 7-23٪ من المرضى الذين لم يعالجوا الارتداد المعدي المريئي.